Los primeros pobladores de Santa Pola habitaron en el tercer milenio A. de C. en la Cueva de las Arañas del Carabassi, situada en la ladera vertical de un barranco de la Sierra. La actividad desarrollada era la caza y la explotación de recursos marinos>La extensión de la agricultura y el influjo de las sociedades orientales, griega y fenicia, a partir del siglo Vll a. C. dan lugar a la aparición de la cultura ibérica, que ha dejado su huella en Santa Pola, en el poblado ibero de Alonai, muy cerca del actual cementerio.

A partir del siglo V la vida del puerto decae y se produce una despoblación de la zona, como ocurre en el resto de Levante. La falta de actividad humana desde el final del Imperio Romano hasta la Alta Edad Media, configura en esta zona una especie de frontera desierto.

Durante la Edad Media esta zona se denomina Port del Cap de L'Aljub, que tras la dominación castellana pasó a formar parte del Reino de Aragón en el siglo XIV. En Santa Pola se mantienen periodos de escasa actividad pesquera y comercial, por razones de inseguridad en toda la costa mediterránea, debido a la presión de bandoleros y corsarios. Ello motivó a la construcción del Castillo - Fortaleza y de las Torres Vigía del Tamarit en las Salinas, Escaletes en la Sierra y Atalayola en el actual faro, para la defensa de los marineros que veían amenazada su seguridad y sus intereses, a causa de la piratería.